El Niño zorgt voor opwarming van het zeewater langs de evenaar in de oostelijke Stille Oceaan. Dit heeft effecten voor het weer in grote delen van de wereld.
El Niño was oorspronkelijk een sterke opwarming van de Stille Oceaan voor de kust van Noord-Peru en Ecuador. Tegenwoordig wordt de vaak daarmee samenhangende opwarming langs de evenaar tot het midden van de Stille Oceaan met deze naam aangeduid. In dit gebied komt normaal juist koel water uit de diepere oceaan naar boven. El Niño duurt gemiddeld een half jaar en het oppervlak van de oceaan kan langs de evenaar tot drie graden warmer zijn dan normaal voor de tijd van het jaar. De piek ligt vaak in december, vandaar de benaming El Niño wat 'het (kerst)kindje' betekent.
De opwarming is zo sterk en duurt zo lang omdat de passaatwind boven de Stille Oceaan door El Niño in kracht afneemt, wat de opwarming weer versterkt. Welk jaar El Niño ontstaat, wordt bepaald door twee samenhangende factoren. De kans op El Niño wordt vergroot door een langzame opbouw van warm water langs de evenaar in de Stille Oceaan. Dat wordt vervolgens omgezet in een opwarming in het oosten door periodes met westenwind in de westelijke Stille Oceaan in het voorjaar, die voor een groot gedeelte onvoorspelbaar zijn.
De huidige generatie weermodellen kan El Niño ongeveer een half jaar van te voren voorspellen. In 2015 was in het voorjaar duidelijk dat de kans op El Niño groot was; in de zomer werd het zeker dat hij er echt zou komen. In september werd duidelijk hoe sterk El Niño zou worden. In 2014 was de kans ook groot in het voorjaar, maar bleek in de zomer dat El Niño uiteindelijk heel zwak zou blijven.
Gedurende El Niño trekt het regengebied dat normaal boven Zuidoost-Azië ligt naar de Stille Oceaan. Dit brengt niet alleen droogte in Indonesië (tot oktober) en de Filippijnen (vanaf oktober) met zich mee, maar verandert ook het weer in grote delen van de wereld. De invloeden verspreiden zich langs een aantal hoofdrichtingen.
De eerste keten van effecten gaat de wereld rond door de tropen. Hierdoor worden de noordkust van Zuid-Amerika en de eilanden daarvoor droger, Oost-Afrika in het najaar natter en zuidelijk Afrika in hun zomer wat droger. Er is ook een zwak effect op regen in de Sahel. De hele tropen warmen ook op, waardoor de wereldgemiddelde temperatuur het jaar na El Niño altijd wat hoger uitvalt.
De hele tropen warmen op waardoor de wereldgemiddelde temperatuur het jaar na El Niño altijd wat hoger uitvalt.
De andere twee richtingen zijn bogen over de Stille oceaan naar Noord- en Zuid-Amerika. Zuidoost-China wordt wat natter, Canada heeft meestal een wat zachtere winter en het zuiden van de VS en Mexico krijgen vaak koeler, natter weer. Op het zuidelijk halfrond wordt Oost-Australië vaak iets droger en krijgen Zuid-Brazilië en Uruguay juist meer regen. Deze effecten hangen ook sterk van het seizoen af.
Europa ligt buiten de belangrijkste banen met invloeden van El Niño. De effecten zijn hier dan ook zeer klein. In Spanje en Portugal valt in de herfst bij El Niño iets meer regen. In het voorjaar na een sterke El Niño krijgen we in Nederland en verder naar het oosten vaak een nat voorjaar, terwijl Oost-Spanje dan iets droger en warmer is. In delen van Scandinavië is de winter bij El Niño gemiddeld wat strenger dan normaal, maar op het winterweer in Nederland heeft El Niño geen aantoonbare invloed.